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全片以主人公伍六七寻找失去的记忆为故事主线，配合角色与角色之间的爱恨情仇组成的支线贯穿始终。通过讲述主人公在帮助别人和寻找自我的过程中，认识不同的人，与不同角色之间发生的有趣的，最终用爱化解仇恨与偏见的故事，想带给观众欢乐的同时表达对生活的热爱，爱与包容可以化解一切。。被黑暗组织的人灌下毒药，身体变小了的高中生侦探工藤新一，化名为江户川柯南隐藏身份，并一直在暗地里调查黑暗组织的情报。知道他真正身份的有阿笠博士以及灰原哀。灰原哀实际上曾是黑暗组织的一员。但由于姐姐被杀，灰原哀想从组织脱离，也喝下毒药，以小学生的形象隐藏身份。 铃木集团的新饭店落成，受铃木集团大小姐铃木园子的邀请，柯南、小兰、阿笠博士，小哀等人都出席了宴会。宴会当中，吃了蛋糕的柯南和小哀发觉身体起了异常的变化。原来在蛋糕里，含有那种能让他们身体暂时恢复原样的酒精成分。柯南和小哀也因此变回了原本的样子……。