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小智、皮卡丘、长尾怪手终于到达神奥地方。小智在打电话给大木博士的途中遇到了火箭队的突袭而同皮卡丘失散，便与长尾怪手立刻出发寻找皮卡丘的身影；另一方面，新人训练家小光的妈妈彩子曾是顶尖协调训练家，小光亦想成为顶尖协调训练家，于是由双叶镇出发展开路程。在其后，小智的同伴小刚归队，二人邂逅了小光。自此，三人一同结伴旅行。 几经辛苦，小光终于集齐5枚缎带徽章，她在神奥华丽大型庆典表示出色，首次参加便晋级至决赛，但在决赛以稍微差距败于好友小望；小智亦集齐8枚徽章，他在神奥联盟有好开始，在第1回战打败尚志，第2回战打败某女路人，第3回战(16强)打败考平，8强更打败真司，可是他无法势如破竹而在准决赛惨败于达克多，4强出局。 神奥之旅随着神奥联盟结束而来到尾声，小智及小刚曾邀请小光一同前往关都地方，但小光因卷卷耳被邀请而不能前来，当天日落，小智在码头上和小光以最后一次击掌道别，与皮卡丘及小刚乘船返回关都地方。翌日日出后，小智和小刚回到关都地方，在往真新镇及尼比市的分叉路口，小智和小刚握手及互相祝福对方后正式告别。小智和皮卡丘终于看见真新镇，他们跑进返回真新镇前的最后一段路，神奥之旅正式划上句号。。1944年8月，为策应中原战役，破坏日伪调兵计划，恢复津浦路西革命根据地，新四军四师在师长彭雪枫率领下，越过津浦铁路，挺进路西。当时，盘踞在萧县以南的国民党顽固派王传绶部1500余人，以小朱庄为据点，与刘子仁、刘瑞岐、吴信元等部结成所谓“东方战线”，企图阻止新四军西进。 骑兵连长周大勇奉命前去侦查敌情，半路遇见日军正欺凌百姓，遂率队挥刀突击，引开了日军。王传绶手下朱虎半路设伏，欲打黑枪，却被女游击队长苏梅打伤了手腕，吓得抱头鼠窜。 苏梅扮作普通百姓，骗过顽军吴信元部的岗哨，顺利来到新四军驻地，这时才得以和周大勇相认，原来他们从小一起长大，并定了娃娃亲。 吴信元本与王传绶等人与杀兄之仇，奈何人单势孤，只能忍气吞声。苏梅得知此情后，主动请缨前去劝降，并趁吴信元前往相山庙求签之时，将彭雪枫亲笔信递交给他，二人正在密谈，朱虎突然破门而入，苏梅机警地假称是吴的...。